中华民国时期

商都县建县时间较晚，其建置沿革当从移民垦边起始。

清朝灭亡后，中华民国政府继续推行移民垦边政策。民国4年（1915年），经内务总长准复察哈尔特别区垦务总办龙骧（一说都统何宗莲）呈文之请，商都牧场（亦称太卜寺牧场）在七台（今商都镇原名）设立商都垦务行局兼设治局（民国6年改为招垦设治局），专司大马群、羊群（商都及周边地区牧场之泛称）地段的放荒招垦事务。由此，拉开了商都设县的序幕。

随着草场的不断开发，商都地区人口迅速膨胀，经济发育良好，社会日益开化，遂于民国7年（1918年）经察哈尔特别区都统田中玉报请中华民国政府批准，撤销商都招垦设治局，改为县制，商都正式建县，归察哈尔特别区兴和道管辖。

民国14年（1925年），商都县被划为察哈尔特别区之五警区，为东区辖境。全县共划5行政区，每区设1个保卫团。

民国17年（1928年）9月，察哈尔特别区改为察哈尔省，兴和道建置被撤销，商都县直接隶属于察哈尔省管辖。11月8日，县公署改为县政府，县知事改称县长。商都县被定为三等县。次年，商都实行了区域自治。

民国23年（1934年）4月，奉察哈尔省命令取消区域自治，改行县制。

民国25年（1936年）1月1日，商都被日本侵略军占领，仍维持县级建制。1月4日，日本参事官朝场秀二、政治工作班长岗上、翻译官朱裕文前来接管政权，并于4月1日任命朱敏痴（又名朱之一）为伪县长。

民国34年（1945年）8月，配合八路军作战的苏蒙联军由二连攻入商都，日伪政权作鸟兽散，中国共产党领导建立了新政权，商都县获第一次解放。同年8月22日，商都县实行了军事管制，改商都县为商都市。1个月后，撤销军事管制，改市为县。

民国35年（1946年）10月，中共商都县委、县政府、县大队在战略转移中暂时撤离商都县，国民党掌控政权后，商都县仍维持县级建制。

民国36年（1947年）1月，为适应敌后斗争形势，中国共产党将商都与化德合并成立了商化联合县；9月，商化联合县又纳入康保成立了商化康联合县；12月，联合县建制撤销。

民国38年（1949年）1月5日，在国共两党展开战略决战、国民党节节败退的形势下，中国共产党领导的商化康联合支队进驻商都，国民党政权土崩瓦解，商都县获第二次解放。1月10日，中国共产党商都县委员会暨商都县政府成立，商都县延续县级建制划归察哈尔省，隶属察北地区管辖。

中华人民共和国成立后

1950年7月1日，商都县政府改为商都县人民政府。

1952年11月，察哈尔省撤销，商都县划归河北省张家口专区管辖。

1958年10月，坝上五县即商都、张北、尚义、康保、沽源合并成立张北县，县人民政府改称人民委员会。

1960年1月，商都和尚义从张北县划出，并为商都县。

1961年5月1日，尚义从商都县划出，商都县恢复了原来的建制。此间，行政上仍归张家口专区管辖。

1962年7月，商都县划归内蒙古自治区，属乌兰察布盟管辖。

1963年，商都县人民委员会改称商都县人民政府。

1968年，“文化大革命”当中，成立商都县革命委员会，实行一元化领导，取代了原中共商都县委和县人民政府的职权。

1980年10月，撤销商都县革命委员会，恢复为中共商都县委和县人民政府。

2004年8月，乌兰察布盟改称乌兰察布市，商都县隶属乌兰察布市管辖。