伊斯兰教是回族居民信仰的宗教，亦称回教，于1919年随着回民的迁入而传入。1921年大马库伦村回民蔡有龙、肖月财、马生杰、韩贵四大香炉共同筹建了大马库伦清真寺。活动除念经、礼拜、斋戒、课捐和朝觐外，过开斋节（尔代节）、古尔邦节和圣纪节是其主要内容。1966年“文化大革命”开始后，清真寺被查封，寺中所藏20多册经文全部被焚，沐浴所用的汤瓶、吊罐等全部被毁。阿訇被批斗、抄家，集体礼拜活动被迫停止，部分教徒只在家中秘密祈祷。中共十一届三中全会后，党和政府落实宗教政策，活动重新恢复。并于1981、1982两年政府连续拨款修缮了该寺，将“香炉”改称为“伊斯兰教教管组”。从1921—1996年，大马库伦清真寺历任阿訇11任。至1996年底，全旗共有伊斯兰穆斯林755人。